バイトやパートを含め健康診断は全員受けさせなければいけないのか？

⇒ 一般の労働者は正規・非正規を問わず受診させなければいけません。パートタイマー等の短時間労働者の場合通常の労働者の労働時間の4分の3以上働いている方（例えば正規社員の所定労働時間が週36時間であれば27時間以上働いている方）に対しては受診させる義務があります。2分の1以上働いている方に対しては努力義務です、つまりできればやってくださいねという事です。私見ですがこの2分の1という数字はやがて義務になってくると思っております

健康診断の費用はどうするのか？

⇒ 本人持ちでもいいのではないかという議論はありえます。しかしながら行政通達によれば会社が負担するべきとなっていますのでその方が無難でしょう。

健康診断を受けている時間は労働時間として給与を払わなければいけませんか？

⇒ 一般健康診断は業務との関係が薄いので労使合意のもと労働時間外にすることは可能です。一方特殊健康診断は業務との関係が濃いので労働時間になります。

健康診断を受けない職員がいるのですがどうすればいいでしょうか？

⇒ 健康診断を受けてない従業員に対して、会社が懲戒処分をすることは可能です。また安全配慮義務違反の点から働かせないという対処も可能だとは思います（ただしその前には産業医へ相談することを強くお勧めします）。
私の勧めは受診勧奨をし、ダメなら直属の上司を巻き込み受診命令を出し、必要に応じて産業医に説得してもらうことです。

例えば、妊娠している方にも胸部X線は必要なのですか？

⇒ 必要ないと思います。産業医に相談して必要ないという意見をもらうのが無難です

健康診断は一年以内ごとに定期に行わなければいけないとありますが、厳密に365日なのでしょうか？

⇒ 実務上は１～２ヶ月の差は問われません。これを厳密に行うと毎年少しずつ定期健診のタイミングが後ろにずれていく可能性がありますがそこまで行政は求めていないように思われます

途中入社の方の雇い入れ時のあとの定期健診はどうすればいいですか

⇒ 全社の定期健診に合わせるのが原則です。ただし実務上、入社後1~2か月で次の定期健診があった場合にはその定期健診は受けさせなくても問題はないでしょう

健康診断の結果の保存義務はどうなっていますか。その後はどうすればいいですか？

⇒ 健康診断の結果は5年間保存義務があります。その後をどうするかについては確固たる決まりはありません。利便性等を考えると本人からの申出がない限り保存しておくのが良いように思われます。一方余計な個人情報を保持しているのが会社のリスクになるという観点からは5年で廃棄したほうがいいと思われます。メリットとデメリットを考慮の上明文化しておくのが望ましいでしょう

社長も健康診断を受けなければいけませんか？

⇒ 社長等の経営者は労働者ではないので安全衛生法上の受診義務はありません。ただし、会社を考えると社長が健康を壊すことは経営の悪化に一気につながる危険があります。私は社長こそ一番健康診断を受けるべきだと考えます。結果は従業員に見せたくなければご自分でお持ちになり産業医に見せて相談するのがいいでしょう。産業医や保健師等は守秘義務を持っていますので社内外に結果が漏れる心配はありません。